Ежегодно Минздрав проводит профилактическую иммунизацию лиц из группы риска: лесников, егерей, чабанов, студентов, выезжающих по работе или учебе в очаги клещевого вирусного энцефалита (КВЭ). В республике такие очаги выявлены во всех климатических зонах. По данным ведомства, наиболее опасными из них являются очаги, расположенные в еловых массивах Чон-Кемина, хребтов Кунгей Ала-Тоо и Терскей Ала-Тоо. Широко распространены и полупустынные очаги, связанные с пастбищными клещами: территория Токмакского заказника, Кегетинское ущелье (Чуйский район), Ала-Арчинское ущелье (Аламединский район), альплагерь в Иссык-Атинском районе, долинные очаги в Тюпском, Иссык-Кульском районах, Таласской долине и Приферганье, в пойме реки Нарын (Центральный Тянь-Шань).
Для заболевания характерна весенне-осенняя сезонность (апрель–сентябрь), связанная с периодом наибольшей активности клещей. Инкубационный период (от момента заражения до появления первых признаков заболевания) длится чаще 7–14 дней, с колебаниями от 1 до 60 дней.
К заражению клещевым энцефалитом восприимчивы все люди, независимо от возраста и пола. Наибольшему риску подвержены те, чья деятельность связана с пребыванием в лесу (работники леспромхозов, геологоразведочных служб, строители автомобильных и железных дорог, нефте- и газопроводов, линий электропередач, топографы, охотники, туристы). Горожане заражаются в пригородных лесах, лесопарках, на садово-огородных участках.
Каждый человек, находясь в природном очаге клещевого вирусного энцефалита в сезон активности насекомых, должен периодически осматривать свою одежду и тело самостоятельно или с помощью других людей, а выявленных клещей снимать. Очень важно сделать это как можно быстрее, поскольку чем дольше клещ будет питаться кровью, тем тяжелее будет протекать заболевание. Снятого клеща обязательно нужно доставить на исследование в территориальные центры Госссанэпиднадзора. В Бишкеке следует обратиться в Центр государственного санитарно-эпидемиологического надзора (ул. Байтик-Баатыра, 36а) или Департамент профилактики заболеваний и государственного санитарно-эпидемиологического надзора (ул. Фрунзе, 535).